名前の通り忍者がモチーフ。2つ目の系統毎に所属する忍軍が違うようで、殻人・刃虫が「甲蛾(甲賀)」、剣獣・遊精が「異牙(伊賀)」、爪鳥が「風魔(風魔)」、樹魔が無所属である。
また、メガデッキ【暁ノ忍法帳】からは武竜を併せ持つ赤のスピリットも登場するようになった。
主人に仕える忍者という性質上主君を持つスピリットの登場はあまりなかったが、プロモーションカードで戦国忍者ソウルドラゴン・朧、オールキラブースター【烈火伝承】にて初代甲蛾頭首クワガオキナが登場した。
コラボブースター【ウルトラ怪獣超決戦】では「宇宙忍者」の異名を持つ「バルタン星人」の系統として採用されている。
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