舞台は契約編:真に引き続き神世界。
ダンたちは各々「契約の創界神」を捜し求める。
ダンとの契約を終了したものの、引き続きダンに協力している。
カイに協力する勢力。
トアに協力する勢力。
オリンと同盟を結んだ。
ウラノスを撃退したダン・カイ・トア。
それぞれ神世界の各陣営と協力し「契約の創界神」捜索競争が始まる。
オリンではスピリットの失踪事件が発生していたためハデスは創界神アルテミスに調査を命じる。
調査の結果関与していたのは原初神群のニュクス。
ニュクスを追いアルテミスはオリンを離れる。
一方ダンはヘルメスの情報を元に神世界東域を捜索していた。
そんなダンの前にルーが現れ手合わせを申し出る。
そこにケルティカの面々とトアもやってくるがダンとルーは戦いを通じて互いを認めあう。
その頃アルテミスはニュクスと対峙。翻弄された果てに神世界東域にやって来たためダンとの合流を目指す。
そんな中、「異奏現象」によって別の世界層から超天使アヴリエルが神世界東域に出現。
月光魔神を手に入れたアルテミスはアヴリエルたち異奏の天使たちと協力体制を築く。
そして神世界東域のアマハラとの緩衝地帯でついにダンとアルテミスとニュクスが顔を合わせる。
ダンと共闘するルーも含めた三大創界神による『神生大戦』の発端となる戦いが始まる。
ヴィーナとアレックスたちとの戦いの後、時の牢獄に囚われていたクロノス。
しかしなにゆえか牢獄から脱出してしまい、ふたたび時空の軍団を従えて侵攻を開始した。
それを察知したフレミアは、協力者としてダンとイザナギとイザナミとパールヴァティーを招集する。
協力者たちの奮闘によってクロノス軍団は倒され、時間が修正される。
協力者たちはこの戦いのことを忘れ元の時間に戻っていった。
ニュクスの残した言葉に従いアマハラにやって来たダンとトアたち。
アマテラスの執り成しによってオリン、ケルティカ、アマハラの協力体制が敷かれる。
一方ニュクスはアマハラの皇子であるヤマトタケルに魔の手を伸ばす。
ニュクスの甘言に騙されたヤマトタケルはダンたちに襲い掛かる。
アルテミスの一喝により正気に戻ったヤマトタケルはダンたちと協力することを決める。
さらにカイからニュクス捕縛のため策を講じるとの連絡が届く。
そのとき、ケルティカの大魔女・モリガンがトアのもとにやってくる。
止めに入ったルーとブリギットを退けて半ば強引にトアと契約を果たすモリガン。
果たしてカイ、フラカン、ユム・カアシュと合流したダンとアルテミスとヤマトタケルがニュクスと接敵する。
ユム・カアシュの操る菌によって退路を断たれたニュクスは応戦するが、モリガンの乱入とダンとヤマトタケルの仮契約によりついに打ち倒される。
ニュクス討伐によってアマハラを後にしようとするダンたちだったが、ヤマトタケルが「契約の創界神」ミトラを保護しているという思いもよらない事態に直面する。
ミトラの所在が明らかになる少し前、神世界東域で『混沌』に侵された世界を見たカイは、ウルリカ最強の創界神オメテオトル召喚の決意を固める。
召喚されたオメテオトルはカイの相棒たちとの激突の末、ついにカイを認める。
ミトラと対面を果たしたダンは、契約の真実について告げられる。
世界を飲み込む『混沌』に対抗するためにはより相性のいい創界神との契約が必要であるという。
オメテオトルを伴いやって来たカイは、ダンに勝負を挑む。
アポローンやハデスを凌ぐオメテオトルの力の前に、ミトラが仮契約を申し出る。
天啓聖龍ヴェーン・ダーンタによってオメテオトルに一矢報い、ダンはその力を示した。
ダンがオメテオトルに力を示したとき、神世界が混沌に包まれた。
そしてダンたちの前にインドラが現れる。
インドラと「神世界救世契約」を結んだダンはケイオスを倒すべく行動開始する。
ミトラが一同をケイオスの元へと導く。
混沌の上位眷属「堕天将」はカイとオメテオトルが、再び出現したニュクスはトアとモリガンが迎え撃つ。
ダンとインドラと対峙するケイオスは混沌超神星ジークヴルム・オルタ・ノヴァを召喚する。
雷神龍皇ヴァジュラヴルムで対抗するダンたちだったが、ケイオスはさらに戦っていた他の2組を呼び寄せる。
混沌を極める戦局に異奏が起こり、それに導かれた超龍雷神グラン・サジット・ノヴァが混沌を吹き飛ばす。
そうして混沌との戦いに終止符が打たれた。
