舞台は転醒編に引き続き「
クロノス大幹部ロンバルディアを退けた世界を新たな異変と脅威が襲う。
オラクルを宝として狙う獣頭スピリットたち。
クロスボーンシャーク一家など様々な派閥が存在するようで、クロスボーンシャーク一家の中でも宇宙海賊ギャリー・ハリアス、宇宙海賊キャプテン・シャークック、宇宙海賊シャリバ・ルークの兄弟が覇権を争っている様子。
メギド・ゾーラ暴走の際にはバル・マスケと結託していたが、クロノスの時間城攻略の際にはヴィーナたちに協力した。
時空改竄者を取り締まる刃虫スピリットたち。
宇宙海賊のような普通の犯罪者も取り締まり対象だが、創界神による歴史改変は天地創造にあたるため犯罪ではないという。
ストーリー中に登場する捜査官たちのリーダー格は光殻刑事マンディ・ブラリス。
聞き込みや文献の解読などの警察らしい地道な捜査を行うだけでなく、時には実力行使も辞さない。
天霊から技術提供を受けている。
未来のグラン・ロロからポルックと共にやってきた機竜スピリットたち。
リーダー格は航宙龍アストラ・ドラゴン。
絶滅の危機に瀕していたが、オラクルの影響からか、本来あり得ない進化を果たした機獣スピリットたち。
ミラージュや変形能力を持っている。
紫の世界の吸血鬼の貴族たち。
『死』を信奉する危険な集団であり、メギド・ゾーラ暴走の際には宇宙海賊と結託していた。
過去にクロノスと何らかの盟約を交わした模様。
未来からやってきた天霊スピリットたち。
未来世界で3本の指に入る技術力を持ち、時空警察と協力関係にある。
『戦車』の影響を受けた「戦車合体」スピリットたちによって運用されている移動要塞。
隠者騎士ともつながりがある。
ドラゴニック・アーサーは冥神機ヤヴン・ハールの仲介で協力を取り付け合流、グラン・ウォーデン・ツヴァイの力を手に入れた。
クロノスの攻撃によって異なる歴史のグラン・ロロに漂着した。
鉄騎皇イグドラシルX／終焉の騎神ラグナ・ロックXと協力してクロノスに立ち向かう。
「汝、筋肉を愛せよ」を教義とする宗教団体。
剣獣や一部の星竜スピリットが属している模様。
バル・マスケ討伐の任を負った「エクソシスト部隊・浄化ノ炎」が存在する。
『塔』とその眷属の造兵スピリットたちがいる街。
『塔』と眷属たちはクロノスの手に落ちヴィーナたちに襲い掛かった。
太陽の加護を受けた星竜スピリットたち。
アレックスは彼らを見て創界神アポローンのことを思い起こしたようだが関係は不明。
『運命の輪』の力によって呼び寄せられた星座のスピリットたち。
中でも『射手』と『獅子』は最強の2体と呼ばれる。
フラグメント・ヘキサの大地やスピリットはすべて創界神イザナギ＆イザナミが創ったものである。
しかし、アレックスやロンバルディアなど、その世界の創界神と関係ない『ゲスト』と呼ばれる者も存在する。
その『ゲスト』の中でも代表的な『オラクルスピリット』の1体が消えた。
『オラクルスピリット』は世界に対して不干渉であり、何体居てどこから来たのかイザナギ・イザナミも知らない。
しかし紫の世界の『オラクルスピリット』の失踪が創界神の機能不全を引き起こした。
カクメイの竜騎士団と共に捜索するアレックス・ヴィーナたちだったが、妨害者が現れる。
『ゲスト』と『オラクルスピリット』を巡る『オラクル戦記』が幕を開けた。
紫の世界のオラクルスピリットを連れ去ったのはゲストだった。
「宇宙海賊」を自称するゲストはヴィーナたちから見事に逃げおおせた。
途方に暮れていたところ、今度はアレックスが「時空警察」に捕らえられてしまう。
時空警察はアレックスを時空改竄者とみなし捕まえたのだが、創界神であることに気づき謝罪する。
時空警察によれば未来の技術ミラージュが過去に持ち込まれ、過去を変えたいスピリットがオラクルスピリットを狙っているらしい。
利害が一致したヴィーナ・アレックスらと時空警察は協力体制を敷くこととなる。
黄の世界のタリスマンがあった神殿にオラクルスピリットが祀られていることに気づいた一行は神殿に向かうが、すでに宇宙海賊と導魔たちの戦いが始まっていた。
『女帝』の協力を取り付けたヴィーナらが戦線に戻ると展開されていたミラージュの力が増大し形勢逆転。
宇宙海賊は青の世界へ援軍を呼びに行ったものの『ジ・エンプレス』のついているヴィーナ側には敵わず時空警察に捕縛される。
しかし紫のオラクルスピリットはそこにいなかったうえ、時空警察が追っている時空改竄者「緑の服を着て目隠しをした男」も宇宙海賊たちの中にはいなかった。
次に狙われているのは白のオラクルスピリットであることを知った一行は白の世界に向かうが、白のオラクルスピリットはすでにその場にはいなかった。
機獣たちへの聞き込みで白のオラクルスピリットを連れ去った「緑の服の男」が赤の世界に潜伏していることを知った一行は赤の世界に向かう。
赤の世界では航宙龍アストラ・ドラゴン率いる「ドラゴンクルセイダース」が待ち構えていた。
一進一退の攻防を繰り広げる時空警察とドラゴンクルセイダースだったが、そこに『星』が現れ、ドラゴンクルセイダースに助力する。
混乱の中、アレックスはヴィーナを連れて戦線離脱する。そこにはアレックスもよく知る「緑の服の男」…ポルックがいた。
ポルックとの邂逅に驚くアレックス。
「クロノスに支配された未来のグラン・ロロ」を救うため時間を超えてやってきたというポルックはアレックスに助力を請う。
戸惑いながらもポルックの手を取るアレックスだったが、突如としてこの世界にいるはずのないアルティメット・宇宙頂天龍メギド・ゾーラが現れる。
機獣たちの機転で窮地を脱したドラゴンクルセイダース・時空警察一同は世界各地で暴れるメギド・ゾーラを前に一時休戦。
『力』『皇帝』『正義』の3つのオラクルの力でのメギド・ゾーラ封印を計画する。
『力』を所持しているという宇宙海賊は『星』と『女帝』を交換条件に『力』の貸し出しを提案する。
そんな中、アストラ・ドラゴンが『皇帝』の協力を得ることに成功。アレックスとポルックは『正義』捜索に赴く。
『皇帝』を得たヴィーナは時空警察とともに宇宙海賊との会議に赴くが、宇宙海賊側にはバル・マスケ 公爵 ブラッドフォードがついていた。
時空警察をうまく口車に乗せようとするブラッドフォードらだったが、時空警察の交渉（実力行使）には手も足も出ず敗北。ヴィーナ側に『力』『皇帝』が揃った。
『正義』を捜索中のアレックスとポルックからヴィーナに連絡が入るが、その時にはヴィーナの目の前にメギド・ゾーラがいた。
万事休すと思われたその時、ドラゴンクルセイダースの最終兵器機龍皇ヴェルト・ラオムの攻撃で間一髪助かる。
ヴェルト・ラオムがメギド・ゾーラに応戦している間に『正義』を連れてポルック・アレックス・天霊たちが到着。
マジックに長けた天使たちのサポートで3つのオラクルの力が解き放たれ、メギド・ゾーラの封印に成功した。
ある日、冥神機ヤヴン・ハールは森で倒れていたドラゴンに出会った。
彼の名はドラゴニック・アーサー。世界のバランスが崩れた影響でソーディアス・ドラグーンの姿に戻れなくなっていたのだ。
アーサーと意気投合したヤヴン・ハールは彼の話を聞き、心当たりのある『戦車城』へ連れていく。
戦車城にて『戦車』の力を借り、翼神機グラン・ウォーデン・ツヴァイとなったアーサー。
その頃、目隠しの男率いる集団が戦車城の行く手を阻み攻撃を受けていた。状況を理解したアーサーは慌ててそこへ飛び出していった。
舞台は超神星龍と終焉の騎神の戦いでラグナ・ロックが勝利した異なる歴史の『グラン・ロロ』。
異なる歴史のグラン・ロロに現れたボロボロの秩序戦艦バチマン・ド・ゲール -戦艦形態-。
秩序軍が創界神クロノスの攻撃を受けて時空を超えて別の世界に辿り着いたのだ。
クロノスの脅威を前にイグドラシルは秩序軍と協力して立ち向かうことを決意する。
ラグナ・ロックへと転醒したイグドラシルはクロノスに勝利するが、それはクロノスの本体ではなかった。
ヴィーナたちのもとにポルックの妹・カスターから「現代と未来の間に時空断絶が置きつつある」とうう緊急連絡が届く。
天霊たちはすぐにその言葉を信用し、事実を確認した時空警察も事態を重く見てポルックを時空犯罪者でなく協力者と認定。創界神クロノス打倒に向けて一丸となる。
ポルックの提案で創界神パールヴァティーの知恵を借りることにした一行。
パールヴァティーは「鍵は『戦車』の正位置、そして『塔』の逆位置にある」と告げる。
2つのオラクルのコントロール法を学ぶため、「オラクル教」の総本山である「聖都ナユタクルッガ」に向かう。
運よく『教皇』の協力も得ることができた一行は『戦車城』へと向かう。
戦車城の攻撃を受ける一行だったが、戦車城からアーサーが駆け付けてその場をとりなした。
そのまま『塔』のいる青の世界の「エンドオブジャーニー」へと向かうが、エンドオブジャーニーではすでに『塔』とその眷属たちがクロノスの手に落ちていた。
時空警察の機転でなんとか『塔』を手に入れた一行。
しかし、突如としてバル・マスケの使者が姿を現した。
目覚めたバル・マスケ 大公爵 ゼーゲブラヒトに圧倒される一同。
『戦車』とアーサー＝グラン・ウォーデンとアレックスの連携で優位に立つが、ゼーゲブラヒトは光を吸収し聖魔態へと転醒。
アレックスすらも圧倒するゼーゲブラヒトだったが、太陽星龍たちの命をかけたサポートで生じた圧倒的な光を受けた『教皇』の拳がゼーゲブラヒトの体を貫いた。
かくして未来へのゲートが開く。
未来へ向かう一同だったが、時空警察を通じて未来のヘヴンズエージェンシーから「クロノスの痕跡が消えた」という知らせが届く。
クロノスの時間城は時空間を移動いるためだった。
そんな中、宇宙海賊からクロノスの居場所に関する情報がもたらされる。
宇宙海賊と手を組んだ一同は時間城の探索に移るが行き詰ってしまう。
ポルックはカスターとともに『運命の輪』に姿を変え、光導スピリットを呼び出す。
光導スピリットの力で時間城に通じる時空間のトンネルが開き、クロノス軍との決戦が始まった。
城砦に突入するアレックスとヴィーナたちだが、タリスマンが反応を示し、ヴィーナはオラクルスピリット、アレックスたちはクロノスの捜索にあたる。
捕らえられていた『隠者』を発見したヴィーナは、『隠者』から知識の力を授かり、時間城の全容を把握した。
クロノスの待つ玉座の間へと向かうヴィーナたちだったが、すでに会敵していたアレックスたちは壊滅寸前だった。
『太陽』と太陽星龍たちの奇襲によって生まれた隙を逃すまいとヴィーナが攻撃を仕掛ける。
右腕に『射手』、左腕に『獅子』を宿した世界の救世主ヴィーナがクロノスを討ち滅ぼした。
ヴィーナが気が付いたときには戦いは終わっており、クロノスの消滅によって時空間も元に戻り始めていた。
アレックスはヴィーナと別れ自身の世界へと帰り、界事紀は幕を閉じる。
